Подскажите пожалуйста.
Есть ли смысл ростки перца в фазе двух полноценных листов сначала высадить в литровый вазон, а уже после того как нормально подрастет, в 4-5 литровый?
Конечно, можно, только литровая емкость для перца с первыми 2-мя настоящими листочками великовата. Ему на первое время (7-12 дней) и 0,2-0,3л хватит за глаза. Потом по мере заполнения корнями предоставленного объема следует в поллитровую емкость пересадить. Затем в литровую и т.д. и т.п. Можно и сразу в большую емкость пересадить, но тогда надо
грамотно поливать.

Или промежуточная пересадка может иметь фатальные последствия?
Если делать пересадку аккуратно, не повреждая корневую систему, то промежуточная пересадка соверешенно не опасна.